BA2.12.1, BA.4 et BA.5 : découvrez les nouvelles sous-variantes d’omicron

Après que le mois de mai ait vu les États-Unis franchir la ligne des plus d’un million de décès signalés du Covid-19, le virus SARS-CoV-2 qui cause la maladie continue de muter. Cela signifie qu’un nombre croissant de nouvelles sous-variantes d’omicron alimentent désormais une nouvelle augmentation des infections. La formule pour contenir les pires effets de la pandémie – à savoir les vaccinations et les traitements – tient toujours. Mais les progrès ont été lents, laissant le monde vulnérable à des changements plus troublants du virus.

Les États-Unis se rapprochent de l’autorisation des vaccins Covid-19 pour l’un des derniers groupes d’âge non protégés, les enfants de moins de 5 ans. Pfizer et BioNTech ont rapporté cette semaine des données préliminaires selon lesquelles une séquence de trois doses de son vaccin Covid-19 a donné une efficacité de 80% dans la prévention des maladies chez les enfants âgés de six mois à 5 ans. Mais la Food and Drug Administration ne se réunira pas avant le mois prochain pour envisager d’accorder une approbation d’urgence pour ces injections.

Les traitements ont également rencontré quelques problèmes. Les mutations d’omicron ont rendu inefficaces plusieurs traitements par anticorps monoclonaux. Certains médecins ont également signalé que les symptômes de Covid-19 chez les patients ont rebondi après avoir terminé un traitement avec le médicament antiviral Paxlovid.

Pendant ce temps, une autre vague de cas de Covid-19 est sur le point de déferler sur les États-Unis alors que la chaleur estivale oblige les gens à rentrer à l’intérieur, créant davantage d’opportunités de propagation du virus. De nombreuses régions du pays ont également levé les exigences en matière de masque facial et les règles de distanciation sociale. Les cas de Covid-19 sont au nombre d’environ 100 000 par jour, mais l’augmentation des tests à domicile signifie que les décomptes officiels sont probablement sous-estimés, si les gens prennent la peine de se faire tester.

“Nous savons que le nombre d’infections est en fait nettement plus élevé que cela”, a déclaré le Dr Ashish Jha, coordinateur de la réponse Covid-19 de la Maison Blanche, lors d’une conférence de presse la semaine dernière. “[It’s] difficile de savoir exactement combien, mais nous savons que beaucoup de gens sont diagnostiqués à l’aide de tests à domicile.

Les hospitalisations liées au Covid-19 augmentent également dans tout le pays, ce qui signifie que des décès pourraient bientôt suivre. Pour une grande partie du pays, Covid-19 va s’aggraver avant de s’améliorer, mais probablement pas aussi mauvais qu’il l’était en janvier.

Les décès de Covid-19 aux États-Unis sont bien en deçà de leur pic hivernal.
Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes

La bonne nouvelle est que le nombre de décès et de maladies graves semble se séparer du nombre de cas d’omicron. Cela est dû en partie au fait que les traitements efficaces contre le Covid-19 sont plus disponibles pour ceux qui tombent malades.

C’est aussi une conséquence du stade actuel de la pandémie. Entre les vaccins Covid-19 et les infections par le virus, il reste peu de personnes qui n’ont jamais été exposées au SRAS-CoV-2. La plupart ont un certain degré de protection contre le virus. Les vaccins Covid-19, en particulier, préviennent toujours les maladies graves causées par de nouvelles variantes.

Mais le niveau de protection n’est pas le même partout. La résistance à l’infection s’estompe avec le temps, de sorte que les doses de rappel des vaccins sont essentielles pour renforcer les défenses immunitaires avant les nouvelles vagues. Pourtant, malgré une éligibilité élargie, moins de la moitié des personnes aux États-Unis qui ont reçu un vaccin Covid-19 ont reçu une injection de rappel. Plus de 20% des résidents américains n’ont reçu aucune dose de vaccin Covid-19. Pendant ce temps, environ les deux tiers des personnes à travers le monde ont reçu au moins une dose d’un vaccin Covid-19.

Une telle variation généralisée de l’immunité signifie que le virus SAR-CoV-2 peut continuer à se propager et à muter. Mais les scientifiques avertissent depuis longtemps que cela crée également une pression de sélection pour favoriser les versions du virus qui peuvent échapper à l’immunité et se propager plus facilement. Des recherches récentes montrent que les infections antérieures ne suffisent pas à elles seules à prévenir les réinfections, même à partir de versions similaires du virus.

Cela se joue maintenant avec la montée des sous-variantes BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 d’omicron, qui était lui-même une version plus transmissible du virus SARS-CoV-2 original. “Ils sont plus contagieux avec plus d’évasion immunitaire, et ils sont à l’origine d’une grande partie des augmentations d’infection que nous constatons actuellement à travers le pays”, a déclaré Jha.

Alors que la pandémie de Covid-19 s’étire dans sa troisième année épuisante, le virus tue moins de personnes mais pèse toujours lourdement sur la santé et l’économie. Réduire davantage cela exige un effort plus concerté pour combler les lacunes en matière de vaccination, rendre les traitements plus accessibles et détecter les mutations du virus avant qu’elles ne se propagent largement. Sinon, le cycle de nouvelles variantes provoquant davantage de vagues d’infection se poursuivra.

Les nouvelles sous-variantes d’omicron semblent plus susceptibles de provoquer des réinfections

Les virus existent pour faire des copies d’eux-mêmes, mais ils sont assez maladroits. Plus un virus se propage, plus il mute. La plupart de ces changements sont nocifs pour le virus ou n’ont aucun effet, mais parfois une mutation survient qui donne au virus un avantage, comme le rendre plus facile à attraper ou plus difficile à détecter.

L’Organisation mondiale de la santé a décidé que lorsqu’une version du SRAS-CoV-2 acquiert un groupe distinct de mutations, elle deviendrait une variante nommée et obtiendrait une classification abrégée avec une lettre grecque – alpha, bêta, gamma, etc.

Il existe en fait une gamme de changements dans chaque variante, mais après l’éruption de la variante omicron fin 2021, une sous-variante spécifique appelée BA.2 a commencé à dominer les nouvelles infections. Il n’est pas génétiquement assez distinct pour avoir sa propre lettre grecque, mais BA.2 avait un tel avantage que les chercheurs et les responsables de la santé se sont concentrés dessus.

Depuis lors, BA.2 n’a cessé de muter et de s’optimiser. Sa dernière forme est BA.2.12.1, qui commence maintenant à représenter une plus grande part des nouveaux cas aux États-Unis.

Graphique montrant la prévalence des sous-variantes omicron de Covid-19 aux États-Unis.

La sous-variante BA.2.12.1 de la variante omicron gagne régulièrement du terrain aux États-Unis.
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D’autres parties du monde voient différentes sous-variantes. L’Afrique du Sud, qui a généralement devancé les États-Unis en termes de versions émergentes du SRAS-CoV-2, signale maintenant la montée des sous-variantes BA.4 et BA.5, qu’elles ont détectées en janvier et février, respectivement. Ils ne semblent pas provoquer de symptômes différents, mais ensemble, ils représentent environ la moitié des nouvelles infections en Afrique du Sud. Ces sous-variantes ont également été détectées dans les eaux usées aux États-Unis, mais restent encore une minorité de cas.

En général, les sous-variantes gagnent du terrain car elles se propagent plus facilement entre les personnes et sont plus difficiles à cibler pour le système immunitaire. Cela signifie qu’ils sont plus susceptibles de provoquer des infections percées chez les personnes vaccinées et des réinfections chez les personnes précédemment infectées.

“Le truc avec omicron, cependant, et tout le [subvariants] là-dedans, une grande partie de l’avantage de la croissance est désormais tirée par les réinfections », a déclaré le Dr Aaron Richterman, chercheur en maladies infectieuses à l’Université de Pennsylvanie.

Les vaccins et les infections entraînent le système immunitaire à fabriquer des anticorps, des protéines qui peuvent empêcher un virus de provoquer une infection. Les niveaux d’anticorps diminuent naturellement au cours de plusieurs mois, mais le système immunitaire a toujours des cellules mémoire qui peuvent monter des défenses si le virus revient. Le problème est que ces cellules mémoire peuvent mettre plusieurs jours à s’enrouler, période pendant laquelle un virus à incubation rapide comme le SRAS-CoV-2 peut prendre racine et se propager à d’autres, surtout s’il est muté. C’est pourquoi les personnes qui ont reçu leurs injections peuvent toujours être infectées et transmettre le virus, même si la grande majorité d’entre elles ne tomberont pas gravement malades.

Les rappels renforcent les niveaux d’anticorps pour prévenir les infections en premier lieu, mais ces effets s’estompent également avec le temps. Les Centers for Disease Control and Prevention recommandent désormais une quatrième dose de vaccin pour les vaccins à ARNm administrés aux personnes immunodéprimées.

La vague omicron d’hiver laisse entrevoir ce que les nouvelles sous-variantes pourraient faire

Le parent de ces sous-variantes, omicron, fournit des leçons importantes sur ce à quoi s’attendre avec BA.2.12.1, BA.4 et BA.5. Omicron se démarque des anciennes variantes de Covid-19 car il présente de nombreux changements, près de 50 mutations par rapport au virus SARS-CoV-2 d’origine. Beaucoup se trouvent dans la protéine de pointe du virus, améliorant la façon dont elle pénètre dans les cellules humaines et rendant plus difficile le ciblage du système immunitaire.

Ainsi, la protection conférée par les versions précédentes du SRAS-CoV-2 ne se traduit pas aussi bien par omicron et ses sous-variantes.

Omicron semble également se répliquer beaucoup plus rapidement dans les voies respiratoires supérieures, ce qui facilite l’expiration des particules virales et leur propagation aux autres. Les responsables de la santé ont averti en janvier qu’omicron « trouverait à peu près tout le monde ».

Le résultat a été que l’hiver dernier, omicron a déclenché un pic massif de cas de Covid-19 aux États-Unis, suivi d’une baisse tout aussi marquée. Certains chercheurs ont émis l’hypothèse que la longue portée d’omicron infecterait tellement de personnes dans la population qu’il agirait efficacement comme un vaccin, bien qu’il ait un coût immense en vies humaines. Dans des États comme le Massachusetts, l’onde omicron était plus mortelle que l’onde delta.

Mais de nouvelles recherches montrent qu’une infection à l’omicron est un piètre substitut à un vaccin. Dans une étude publiée la semaine dernière dans la revue Nature, les chercheurs ont examiné les réponses immunitaires chez les souris et les humains après une infection par différentes variantes. Ils ont découvert qu’une infection omicron offrait peu de protection contre les autres versions du virus.

“Omicron à lui seul balayant le monde ne va pas induire un statut immunitaire très robuste protecteur contre d’autres variantes à l’avenir si vous n’êtes pas vacciné”, a déclaré le Dr Melanie Ott, auteur et chercheuse principale au Gladstone Institute of Virology. et immunologie à l’Université de Californie à San Francisco.

D’autre part, une infection à l’omicron après vaccination a donné un spectre plus large de protection contre d’autres variants. “Le message est vraiment de se faire vacciner même si vous avez été infecté”, a déclaré Ott.

Comme pour BA.2.12.1, BA.4 et BA.5, ces nouvelles sous-variantes semblent esquiver une partie de l’immunité générée par BA.1 et BA.2. Ainsi, les personnes infectées par des versions antérieures d’omicron pourraient toujours contracter les sous-variantes les plus récentes. Cela alimentera probablement plus de cas de Covid-19 tout au long de l’été.

“Même de légers changements apportés à omicron dans ces nouvelles variantes semblent être suffisants pour contourner réellement cette activité neutralisante”, a déclaré Ott.

Il est également probable que ces réinfections seront des désagréments plutôt que des maladies débilitantes chez la plupart des gens. Mais il existe encore des personnes présentant un risque sérieux de maladie dangereuse, comme celles qui sont immunodéprimées et les personnes âgées. Et même les infections bénignes peuvent avoir des conséquences durables comme le long Covid, il incombe donc à chacun de prendre des mesures pour éviter d’être infecté en premier lieu.

Covid-19 peut augmenter, mais il existe des moyens de rester en tête

Les pics et les baisses en cours dans les cas de Covid-19 signifient qu’il ne s’est pas encore installé dans le schéma régulier d’une maladie endémique, mais il se rapproche et l’écart entre les infections et les maladies graves semble se creuser.

“Jusqu’à ce que nous arrivions à cet état stable, nous devrions nous attendre à ce que chaque vague suivante soit moins sévère que celle qui la précède”, a déclaré Richterman. “En général, nous pouvons nous attendre à ce qu’avec le temps, le fardeau global des maladies graves diminue.”

Dans le même temps, la protection immunitaire varie considérablement aux États-Unis et dans le monde. Il y a des gens qui ont reçu quatre doses d’un vaccin et qui ont été infectés, alors qu’il y en a d’autres qui n’ont toujours pas rencontré le virus. Cela a créé le terrain d’entraînement idéal pour de nouvelles variantes. La fermeture de ces voies pour de nouvelles variantes nécessitera l’administration de vaccins dans le monde entier, ainsi que la garantie que tous ceux qui sont éligibles pour un rappel en reçoivent un.

Garder une longueur d’avance sur les variantes et les sous-variantes exige également de la vigilance, de l’examen des eaux usées pour prédire les pics d’infection imminents au séquençage des génomes du virus pour identifier de nouvelles mutations. Et si une nouvelle variante apparaît et entraîne une forte augmentation des maladies graves chez les personnes vaccinées, les vaccins eux-mêmes devront peut-être être mis à jour pour cibler les versions les plus récentes du virus.

Les progrès contre le Covid-19 sont fragiles, et avec plus de 6 millions de morts dans le monde, ils s’avèrent coûteux. Mais aussi fatigué que tout le monde est de faire face à la pandémie, le virus s’en fiche et nous ne pouvons pas tenir la maladie pour acquise.

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