Deux nouvelles variantes d’Omicron se répandent. Conduiront-ils une nouvelle montée subite des États-Unis ?

Les nouvelles versions d’Omicron provoquent à nouveau une augmentation des cas de COVID-19 en Afrique du Sud, et des études montrent que ces nouvelles sous-variantes sont si différentes de la version originale d’Omicron que l’immunité générée par une infection précédente peut ne pas fournir beaucoup de protection.

Surnommées BA.4 et BA.5, les nouvelles sous-variantes sont presque identiques les unes aux autres, et toutes deux sont plus transmissibles que la sous-variante Omicron BA.2. En Afrique du Sud, ils ont remplacé la souche BA.2 en moins d’un mois. Ils sont désormais responsables d’un pic de cas de COVID-19 en Afrique du Sud, qui ont triplé depuis la mi-avril.

“Si vous n’étiez pas vacciné, vous n’obteniez presque aucune immunité contre BA.4 et BA.5”, explique Alex Sigal, virologue à l’Africa Health Research Institute et à l’Université du KwaZulu-Natal. “Il pourrait y avoir une certaine immunité qui peut être suffisante pour protéger contre une maladie grave, mais pas suffisante pour protéger contre une infection symptomatique.”

L’Afrique du Sud est le pays le plus touché du continent, avec plus de 100 523 décès officiels dus au COVID-19 – et c’est probablement une sous-estimation grossière selon une étude récente en Le Lancet. Avec BA.4 et BA.5 maintenant en hausse, le nombre de morts est susceptible de s’alourdir, car seul un tiers de la population sud-africaine a reçu un vaccin contre le COVID-19 ; le taux de vaccination est encore plus faible dans le reste de l’Afrique.

Pour l’instant, la sous-variante connue sous le nom de BA.2.12.1 reste dominante aux États-Unis, entraînant une augmentation des nouvelles hospitalisations au cours de la semaine dernière de plus de 17% à l’échelle nationale et jusqu’à 28% dans la région des Grands Lacs, et à Washington DC et la région environnante. Mais les nouvelles sous-variantes se sont répandues dans plus de 20 pays d’Amérique du Nord, d’Asie et d’Europe, et déjà 19 cas de BA.4 et six cas de BA.5 ont été identifiés aux États-Unis

En quoi BA.4 et BA.5 sont-ils différents des autres variantes d’Omicron ?

L’Afrique du Sud est devenue un point lumineux en Afrique pour le séquençage d’échantillons de SARS-CoV-2. Ce séquençage rapide a été essentiel pour alerter le monde en décembre 2021 de la découverte et de l’essor de la souche originale d’Omicron, appelée BA.1. Maintenant, la même équipe a découvert BA.4 et BA.5.

“Les sous-variantes BA.4 et BA.5 ont été identifiées parce que l’Afrique du Sud procède toujours au séquençage génétique vital que de nombreux autres pays ont cessé de faire”, a déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l’Organisation mondiale de la santé, lors d’une conférence de presse. conférence le 4 mai. « Dans de nombreux pays, nous sommes essentiellement aveugles à la façon dont le virus mute. Nous ne savons pas ce qui va suivre.

Ce séquençage a révélé que pour BA.4 et BA.5, la protéine de pointe est similaire à celle de BA.2, à l’exception de six mutations. La protéine de pointe est la partie du virus SARS-CoV-2 qui s’ancre aux récepteurs des cellules respiratoires humaines et permet au virus d’infecter la cellule.

“Les trois modifications présentes dans le pic de BA.4 et BA.5, par rapport à BA.2, sont très probablement associées à la fuite des anticorps et à l’amélioration de la forme virale et de la liaison au récepteur ACE2”, explique Olivier Schwartz, responsable du Virus et Immunité à l’Institut Pasteur en France.

Deux des changements sur le pic peuvent rendre ces virus plus infectieux, explique Ravindra Gupta, immunologiste et spécialiste des maladies infectieuses à l’Université de Cambridge au Royaume-Uni, comme le montrent ses recherches précédentes. L’avantage est que ces mêmes mutations permettent aux chercheurs de distinguer rapidement les nouveaux sous-variants de BA.2 dans un test PCR standard.

Une autre mutation présente dans BA.4 et BA.5 se trouve également dans d’autres variantes préoccupantes, notamment Delta, Kappa et Epsilon. Il augmente l’infectiosité et affaiblit l’immunité contre les anticorps existants, selon une étude préliminaire réalisée en Chine.

L’étude chinoise montre également qu’un changement rare observé auparavant seulement 54 fois parmi 10 millions de séquences virales aide BA.4 et BA.5 à échapper aux anticorps spécifiques de BA.1. Cette même mutation a également permis au SRAS-CoV-2 d’infecter les visons et les furets lors des épidémies d’avril 2020 dans les élevages de visons.

En plus de ces mutations de protéines de pointe, BA.4 et BA.5 présentent également de petits changements dans les protéines virales dont la fonction exacte n’est pas bien connue.

Où BA.4 et BA.5 ont-ils évolué ?

Une analyse génétique préliminaire estime que les nouvelles sous-variantes pourraient provenir d’Afrique du Sud à peu près au même moment que les autres variantes d’Omicron, à la mi-décembre 2021 et au début de janvier 2022, respectivement. Mais les scientifiques ne connaissent pas encore leur origine avec certitude.

“BA.4 et BA.5 pourraient bien provenir du même type de source commune que BA.1, BA.2 et BA.3, mais ce n’est pas certain”, déclare Richard Lessells, médecin spécialiste des maladies infectieuses à l’Université. du KwaZulu-Natal à Durban, Afrique du Sud. Il fait partie de l’équipe nationale de séquençage qui a découvert toutes ces variantes d’Omicron.

Les voies d’évolution possibles peuvent avoir été un hôte animal, comme une souris ; ou il peut avoir été en gestation chez certains patients immunodéprimés, comme cela a été démontré par l’accumulation de mutations au cours d’une infection chronique par Gupta.

“L’alternative est que BA.4 et BA.5 peuvent avoir évolué à partir de BA.2”, explique Lessells.

BA.4 et BA.5 esquivent l’immunité précédente

Dans la première étude de BA4 et BA.5 sur l’immunité, qui n’a pas encore été examinée par des pairs, des scientifiques dirigés par Sigal, de l’Africa Health Research Institute, ont isolé des virus vivants à partir d’écouvillons nasaux. Les scientifiques ont ensuite effectué des tests pour voir si les anticorps de personnes non vaccinées et vaccinées qui avaient été infectées par la souche originale Omicron BA.1 il y a quelques mois à peine étaient capables de neutraliser ces nouvelles variantes. L’équipe de Sigal a découvert que ces anticorps n’étaient pas capables de protéger contre une infection symptomatique.

C’est préoccupant, car dans les pays à revenu faible ou intermédiaire, moins d’une personne sur six a déjà reçu une seule dose de vaccin contre la COVID-19. Même aux États-Unis, près de 23 % de la population n’est toujours pas vaccinée.

“Les données BA.4/5 sont intéressantes et quelque peu surprenantes”, déclare Gupta, faisant référence à la forte baisse de l’immunité observée dans les études jusqu’à présent. “C’est plus que ce que j’aurais prévu”, dit-il. “Il se peut que [the] la biologie de ce virus a complètement changé en termes de rapidité d’évolution. »

L’étude sud-africaine a de bonnes nouvelles pour les personnes vaccinées : “Nous avons constaté que vous bénéficiez d’une grande protection contre les vaccins, même si vous avez été infecté par Omicron malgré le fait d’être vacciné – beaucoup plus de protection que si vous n’étiez pas vacciné à l’avenir. », explique Sigal.

L’étude de Sigal suggère également que BA.4 et BA.5 peuvent provoquer une maladie moins grave, en particulier chez les personnes vaccinées, par rapport aux variantes précédentes d’Omicron. Cela peut expliquer pourquoi moins de personnes semblent contracter une maladie grave malgré l’augmentation des hospitalisations liées au COVID-19 en Afrique du Sud. La durée médiane d’hospitalisation semble également être plus courte, mais les décès dus au COVID-19 augmentent plus rapidement chez les patients plus âgés.

“Les données BA.4/5 renforcent le besoin de rappels chez les personnes vulnérables pour maintenir les niveaux d’anticorps élevés”, déclare Gupta.

Entre-temps, Moderna a publié des données sur son nouveau vaccin de rappel candidat ARNm-1273.211, qui mélange une protéine de pointe ancestrale avec un imitateur de la pointe de la variante bêta. Bien qu’ils n’aient pas encore été évalués par des pairs, les résultats semblent montrer une protection supérieure jusqu’à six mois, même contre la variante Omicron.

“Les vaccins sont conçus pour prévenir les maladies graves, pour nous empêcher d’aller à l’hôpital et de ne pas utiliser de ventilateur”, déclare Lessells. “Et ils le font toujours extrêmement bien, face à toutes ces différentes variantes.”

Leave a Comment