Pourquoi y a-t-il tant de nouvelles sous-variantes d’Omicron, comme BA.4 et BA.5 ? Le virus mute-t-il plus vite ? | Sebastian Duchene et Ashleigh Porter pour la conversation

Be maintenant, beaucoup d’entre nous connaissent la variante Omicron du Sars-CoV-2, le virus qui cause le Covid. Cette variante préoccupante a changé le cours de la pandémie, entraînant une augmentation spectaculaire des cas dans le monde.

Nous entendons également de plus en plus parler de nouvelles sous-variantes d’Omicron avec des noms tels que BA.2, BA.4 et maintenant BA.5. La préoccupation est que ces sous-variantes peuvent conduire à une réinfection des personnes, entraînant une nouvelle augmentation des cas.

Pourquoi voyons-nous plus de ces nouvelles sous-variantes ? Le virus mute-t-il plus vite ? Et quelles sont les implications pour l’avenir de Covid ?

Pourquoi y a-t-il tant de types d’Omicron ?

Tous les virus, Sars-CoV-2 inclus, mutent constamment. La grande majorité des mutations n’ont que peu ou pas d’effet sur la capacité du virus à se transmettre d’une personne à une autre ou à provoquer une maladie grave.

Lorsqu’un virus accumule un nombre substantiel de mutations, il est considéré comme une lignée différente (un peu comme une branche différente sur un arbre généalogique). Mais une lignée virale n’est pas étiquetée comme variante tant qu’elle n’a pas accumulé plusieurs mutations uniques connues pour améliorer la capacité du virus à transmettre et/ou à provoquer une maladie plus grave.

Ce fut le cas pour la lignée BA (parfois connue sous le nom de B.1.1.529) que l’Organisation mondiale de la santé a étiquetée Omicron. Omicron s’est propagé rapidement, représentant presque tous les cas actuels avec des génomes séquencés à l’échelle mondiale.

Parce qu’Omicron s’est propagé rapidement et a eu de nombreuses occasions de muter, il a également acquis ses propres mutations spécifiques. Celles-ci ont donné naissance à plusieurs sous-lignées, ou sous-variantes.

Les deux premiers étaient étiquetés BA.1 et BA.2. La liste actuelle comprend désormais également BA.1.1, BA.3, BA.4 et BA.5.

Nous avons vu des sous-variantes de versions antérieures du virus, telles que Delta. Cependant, Omicron les a surpassés, potentiellement en raison de sa transmissibilité accrue. Ainsi, les sous-variantes des variantes virales antérieures sont beaucoup moins courantes aujourd’hui et on met moins l’accent sur leur suivi.

Pourquoi les sous-variantes sont-elles importantes ?

Il existe des preuves que ces sous-variantes d’Omicron – en particulier BA.4 et BA.5 – sont particulièrement efficaces pour réinfecter les personnes déjà infectées par BA.1 ou d’autres lignées. On craint également que ces sous-variantes n’infectent les personnes qui ont été vaccinées.

Nous nous attendons donc à voir une augmentation rapide des cas de Covid dans les semaines et les mois à venir en raison des réinfections, que nous constatons déjà en Afrique du Sud.

Cependant, des recherches récentes suggèrent qu’une troisième dose du vaccin Covid est le moyen le plus efficace de ralentir la propagation d’Omicron (y compris les sous-variantes) et de prévenir les hospitalisations associées à Covid.

Récemment, BA.2.12.1 a également attiré l’attention car il s’est propagé rapidement aux États-Unis et a récemment été détecté dans les eaux usées en Australie. De manière alarmante, même si quelqu’un a été infecté par la sous-variante Omicron BA.1, la réinfection est toujours possible avec les sous-lignées de BA.2, BA.4 et BA.5 en raison de leur capacité à échapper aux réponses immunitaires.

Le virus mute-t-il plus vite ?

On pourrait penser que le Sars-CoV-2 est un précurseur ultra-rapide en matière de mutations. Mais le virus mute en fait relativement lentement. Les virus de la grippe, par exemple, mutent au moins quatre fois plus vite.

Le Sars-CoV-2 a cependant des «sprints mutationnels» pendant de courtes périodes, selon nos recherches. Au cours de l’un de ces sprints, le virus peut muter quatre fois plus vite que la normale pendant quelques semaines.

Après de tels sprints, la lignée a plus de mutations, dont certaines peuvent fournir un avantage sur d’autres lignées. Les exemples incluent des mutations qui peuvent aider le virus à devenir plus transmissible, à provoquer une maladie plus grave ou à échapper à notre réponse immunitaire, et ainsi de nouvelles variantes émergent.

La raison pour laquelle le virus subit des sprints mutationnels qui conduisent à l’émergence de variantes n’est pas claire. Mais il existe deux théories principales sur les origines d’Omicron et sur la façon dont il a accumulé tant de mutations.

Premièrement, le virus pourrait avoir évolué dans des infections chroniques (prolongées) chez des personnes immunodéprimées (ayant un système immunitaire affaibli).

Deuxièmement, le virus aurait pu “sauter” vers une autre espèce, avant d’infecter à nouveau les humains.

Quelles autres astuces le virus a-t-il?

La mutation n’est pas la seule façon dont les variantes peuvent émerger. Le variant Omicron XE semble avoir résulté d’un événement de recombinaison. C’est là qu’un seul patient a été infecté par BA.1 et BA.2 en même temps. Cette co-infection a conduit à un “échange de génome” et à une variante hybride.

D’autres cas de recombinaison dans Sars-CoV-2 ont été signalés entre Delta et Omicron, entraînant ce qui a été surnommé Deltacron.

Jusqu’à présent, les recombinants ne semblent pas avoir une transmissibilité plus élevée ou provoquer des résultats plus graves. Mais cela pourrait changer rapidement avec de nouveaux recombinants. Les scientifiques les surveillent donc de près.

Que pourrions-nous voir dans le futur ?

Tant que le virus circulera, nous continuerons à voir de nouvelles lignées et variantes virales. Comme Omicron est la variante la plus courante actuellement, il est probable que nous verrons plus de sous-variantes d’Omicron, et potentiellement même des lignées recombinantes.

Les scientifiques continueront à suivre de nouvelles mutations et événements de recombinaison (en particulier avec des sous-variants). Ils utiliseront également des technologies génomiques pour prédire comment ceux-ci pourraient se produire et tout effet qu’ils pourraient avoir sur le comportement du virus.

Ces connaissances nous aideront à limiter la propagation et l’impact des variantes et sous-variantes. Il guidera également le développement de vaccins efficaces contre des variants multiples ou spécifiques.

Sebastian Duchene est boursier ARC DECRA à l’Université de Melbourne et Ashleigh Porter est chargée de recherche au Peter Doherty Institute for Infection and Immunity. Cet article a été republié à partir de The Conversation. Lisez l’original ici.

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